バイオインフォマティクスとPython

 ネット上でググってでてくる情報を忘備録的にまとめます。

oretaikan.blogspot.com

この中で言及されてるROSALINDよさそう。

ROSALIND | Problems | Locations

Python VillageとBioinformatics Strongholdの問題やりたい。

qiita.com

これはできたら嬉しいかも。セルライン買って何かを添加して発現量変化を見たいとき、そもそもその細胞でこの遺伝子発現してんの？？ってことがよくある。

データベースを一生懸命ぽちぽちクリックするの時間かかるし。

togotv.dbcls.jp

バイオインフォマティクスでおなじみの統合TV。前半では、バイオインフォマティクスというよりかは、Pythonそのものについて教えてくれるっぽい。Perlを知ってる人向け？

www.tsjshg.info

東大の先端研でPythonを使ってがんの研究をされているそうです。が、一方で『Pythonスタートブック』の執筆や動画学習サイトの講師（https://www.udemy.com/python-jp/）

もされているようです。

Pythonスタートブック [増補改訂版]

書籍関連だと

Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data (Animal Guide)

 があったけど英語だし古い…

そもそも何がやりたいの？何ができるの？

wired.jp

生物の研究は細胞、マウス、微生物などを使って人力で実験するのが主流だったのですが（"ウェット"な研究）、分析機器の精度が上がって一つの実験からたくさんデータが取れるようになったので、それを情報学の力を使って分析しましょー、というのがバイオインフォマティクス。最近だと一切実験をせずに、データベース上のデータを取ってきて解析するだけで論文を出しちゃうような研究者もいます（"ドライ"な研究）。私はずっとウェットでやってきました（ひたすらマウスを捌く院生生活でした）。

でもなんでそんな私がバイオインフォマティクスに興味があるかというと、時代の流れに置いていかれそうだなーと思っているからです。バイオ系のほとんどの人がPCRをやったことがあると思うんですけど、あれ、サーマルサイクラーって機械でやりますよね？大昔はそれぞれの温度のウォーターバスを用意して人力でやってたそうです（ほんとかよ…と思ってぐぐったらThermoのサイトで軽く触れられていた）。

www.thermofisher.com

（余談）サーマルサイクラー自作してる人いてワロタ。

1万円でサーマルサイクラー(PCR装置)を作ろう！その3。Raspberry Piを使って電装部分を作製 /バイオハッカー・ジャパン

話を戻すと、サーマルサイクラーが無かった時代、バイオ系実験者にとって「いかに正確に人力PCRをかけられるか」は価値のある技術だったと思います。けどサーマルサイクラーがある今となっては必要ない技術です。きっと、今私ができる「マウスを捌いて細胞を抗体染色してFACSにかける」技術も、いつかは自動化されてしまうんじゃないかな（それはそれでありがたいけど、とても大変なので）。今ある技術を極めることも重要だけど、新しい技術も身に着けていないといけないんじゃないかなー、と感じています。

あとはそんなに高度な話じゃないけど、小学校でプログラミング必修化っていうのを見て「マジかー」ってなってるのもあります。私たち若者世代にとって、パソコンは子供のころからあるし、脳が柔軟なうちに触れられたから"なんとなく"使いこなせる。けどデジタルネイティブじゃない世代にとってはそうじゃない、未知の存在で一から使い方を覚えなきゃいけない。私にとって、プログラミングがそうなってしまう未来もありうるのかなーと思っています。将来、職にあぶれた時にハローワークで「少しでいいからプログラミングさえできればねー、いくつか紹介できるんですけどねー」とか言われたら悲しい（今でいう「ワードとエクセルさえ扱えれば事務職につけるのに…」に相当する）。

ただ「仕事で使うぞ！！！！」とはりきって難しいことばかりやろうとすると途中で挫折するのが目に見えているので、趣味的に楽しそうなこともやってみたいです。Webアプリケーションを作るとか。

djangogirls.org

気になる。今年も開催されるのかな。

整体行ってきた（カラダファクトリー口コミ）

肩こりやばすぎて整体に初チャレンジしました。行ってきたのはカラダファクトリーさんです。チェーン展開していて、ホットペッパービューティからも予約できるので気軽に行けちゃいます！

予約

ホットペッパービューティ経由で予約しました。勤務中に肩こりがひどすぎて初整体を決意。その日の退勤直後に予約し、1時間後の施術を受けてきました！

気を付けなければいけないのが、整体院はよく下調べしてから行かなければいけないというところ。国家資格ではないので、中にはひどいところもあるらしく、かえって怪我をしたという記事もあります。カラダファクトリーさんも一部悪い口コミがあったのですが、本当に肩こりがひどすぎて我慢できなかったのでホットペッパービューティで最初にでてきたこちらにお願いしちゃいました（結果的に超よかったです！）。

予約したのは初回お試し40分3132円のコースです。

施術前

予約時間に店舗に伺うと、まずは登録用紙に住所などを記入していきます。この時、症状や希望も記入するので、私は「とにかく肩こり！！！！」と書きました。

書き終わったら更衣室に誘導され、上下黒の長袖長ズボンのトレーナーに着替えさせられます。長袖長ズボンで良かった…ムダ毛処理してないから…。

施術（整体）

先ほども症状を記入しましたが、改めてヒアリングを受けました。その後、うつぶせ・仰向けで体の状態をチェックされます。びっくりしたのが

トレーナーさん「ではうつ伏せで寝てください」

しろくま「はーい」（寝る）

トレーナーさん「ちょっと動かしますね」（なぜか腰を左に動かす）

しろくま（なんでわざわざ【く】の字にしたんだろう）

トレーナーさん「これがまっすぐの位置です」

しろくま（？？？？？？？？？？？？）

まったく気づいていなかったのですが、姿勢が左右に歪んでいたようです。

その後肝心の首回りのチェックもしてくださり、実際にバランスが悪いことを実演してくれました。

トレーナーさん（私の真後ろに立っている）

「右周りで僕の方を見てください」

しろくま（振り返って見る）（トレーナーさん見えない…）

トレーナーさん「今度は左から」

しろくま（見る）（さっきよりはちょっと見える、顔の端っこくらい）

トレーナーさん「本来なら僕の鼻まで見えるはずです」

しろくま（？？？？？？？？？）

左右どちらも首の動きが悪いのですが、左の方がより重症なため、右側を見づらいらしいです。

ここで骨標本を持ってきて説明してくれるトレーナーさん。

「しろくまさんは左の骨盤が下がっていて、その結果首の骨と神経の位置バランスが悪いです。本来なら自己回復力が備わっているのですが、歪みがひどすぎて回復ができず、どんどん悪化している状態です（うろ覚え）」

な、なるほど…。肩こりがひどかったので、てっきり猫背だから～とか、デスクワークで下向きすぎ！といった上下方向の歪みかと思っていましたが、実は左右の歪みでした。言われてみれば、左の方が痛い…ような…？今はリュックで通勤しているのですが、学生時代は重いスクールバックをいつも左で持っていました。

というわけで、歪みの確認ができた後、実際に体を整えてもらいました。ツボっぽいところを押したり、首をぐいーっと回してもらったりした気がします（うろ覚え）。事前に「怪我をさせられた…」みたいな記事を読んで（カラダファクトリーさんではないです）いたので不安でしたが、こまめに「痛くないですか？」「痛気持ちいいくらいがベストです」と声をかけてくださったので施術は安心して受けられました！

左右の歪みを直したあとは、前後の歪みへ。まず肩幅に足を開いて立ち、後ろで手を組みます。

トレーナーさん「いまから組んだ手を下に押すので、耐えてくださいね」

しろくま「はーい」

トレーナーさん（押す）

しろくま（普通によろける）

トレーナーさん「本来ならば耐えられるはずです！ということでここからは骨盤のゆがみを直していきます！」

骨盤のゆがみを直すのには専用のベッドを使いました。ペダル操作で数センチ「ガタンッ」と腰の部分を落とせるベッドです。衝撃を与えることで歪みを直していくそうです。このベッドでの施術、うつぶせになって数センチ落ちるので、膀胱に直でキます。事前にお手洗いに行っておきましょう。

一連の歪み直しが終わったあと、自宅でできるストレッチを教わりました！バスタオルを両手で棒状に持ち、そのままぐるんっと後ろに持っていきます。そしてまた前にぐるんっと戻します。10往復くらいやるといいらしいです。持つ幅を狭めることで強度を上げられます。以下の記事のストレッチです。

otonasalone.jp

その後整体に通う頻度の説明がありました（整体って通うものなんですね、初めて知りました）。私生活に戻って歪みが再発していないかチェックするため、初回から5日以内に1回、その後は2ヵ月で8回程度通うのが理想だそうです。

施術（マッサージ）

整体終了後はトレーナーさんが交代して（たぶんバイトっぽい）普通のマッサージをしてくれました。めちゃ気持ちいいです。

施術後

お着換えして待合室に戻ります。ウォーターサーバーのお水をいただきながら、お得な回数券の説明がありました。といっても勧誘というほどではなく、さらっと断れる感じでした（ごめんなさい…）。お会計をして、無料紹介チケットをいただいて終了です（ありがとうございます、肩こりに悩んでいる知人にあげます）。

感想

めちゃめちゃ良かったです！まず帰り道、普通に歩いているだけなのに姿勢が良くなっていることに気づきました！そして自分の体がこんなに歪んでるなんて知らなかったので、整体以降左右のバランスに気を付けるようになりました。肩こりも翌朝には大分軽くなりました！整体って聞いたことはあるけど行ったことないな～、なんか肩や腰が痛いな～って人はぜひぜひ試してみてください！（ただしチェーン店なのでお近くの店舗の口コミをよく見てから行ったほうが良いと思われます）

おまけ

肩こり解消のために入浴やジョギングをするようになりました。左は一時期話題になった「腐女子が同人誌のタイトルにつけそうな名前の入浴剤」です。

わかる。ハ●ポタのシ●ルによさそう。